Часть 3. Экспедиция в галактику "Пегас".

После того, как доктору Дэниелу Джексону удалось обнаружить адрес затерянного города Древних, командование программы Звёздных Врат собрало международную экспедицию для его исследования во главе с доктором Элизабет Вейр. Казалось бы, что может быть проще, чем прибыть в галактику «Пегас» и оживив город Древних? Но и тут не обошлось без проблем: оказалось, что в этой галактике также существуют расы, способные уничтожить как Землю, так и другие миры Млечного Пути, и называют их Рэйфами и Репликаторами. Экспедиция с Земли достаточно быстро попадает в серьёзную переделку и вынуждена искать союзников в этой новой галактике, однако вместе с ними они находят и новых врагов — рейфов. Отрезанной от Земли экспедиции нужно попытаться своими силами разобраться с технологиями древних и найти способ победить рейфов. Майор Джон Шеппард создаёт команду «первого контакта», в которую входит он сам, доктор Родни Маккей, лейтенант Эйден Форд и лидер атозиан — Тейла Эммаган. Во время одной из своих первых миссий они «зарабатывают» себе ещё одного врага в лице дженаев — милитаристской человеческой цивилизации с технологиями на уровне 1960-х годов Земли. В тоже время движется и работа доктора Беккета по созданию ретровируса, способного превращать рейфов в людей. Первые опыты с «сырым» вирусом приводят к плачевным результатам с девочкой-рейфом и едва не заканчиваются гибелью Шеппарда. Испытания улучшенной версии приводят к неоднозначным результатам с рейфом, которого Джон Шеппард назвал Майклом, но его знания физиологии рейфов помогают создать вместе с хоффанами вакцину, которая бы препятствовала рейфам высасывать жизненные силы из людей. Однако в результате получается вещество, отравляющее кровь рейфов и убивающее их. Оно могло бы использоваться, но его действие избирательно — только 50 % людей выживают после вакцинации. Для Беккета применение лекарства на живом человеке и рейфе — тяжёлый выбор. Он идёт здесь против своих убеждений.

Потерпев очередную неудачу с ретровирусом, герои встречают третий год в галактике Пегаса, всё ещё находясь под угрозой нападения рейфов. Также в новом сезоне они находят нового противника — расу асуран. Кроме того, в результате неудачного эксперимента они полностью разряжают свой МНТ и город снова остаётся без связи с Землёй, защитного поля и снарядов-дронов. Очень скоро в космосе они находят летевший в Млечный Путь — к Земле — крейсер древних «Трия», экипаж которого возвращает себе Атлантиду. Командование «Звёздных врат» посылает в Атлантиду генерала О’Нилла и члена международного наблюдательного совета (МНС) Ричарда Вулси с дипломатической миссией по восстановлению отношений между Землёй и древними и возврате экспедиции в город. Однако очень скоро О’Нилл и Вулси связываются с Землёй и сообщают, что город захвачен асуранами, а все древние убиты. В конечном счёте команде Атлантиды удаётся отбить город. Земля наносит упреждающий ядерный удар по родной планете асуран с целью предотвратить строительство их флота, с помощью которого те намеревались опять захватить Атлантиду и уничтожить Землю. В ответ асуране применяют против Атлантиды спутник с мощным лучевым оружием, но Земной экспедиции удаётся вывести город из-под удара за счёт отремонтированных репликаторами двигателей. Сезон заканчивается, когда Атлантида с земной экспедицией «вываливается» из гиперпространства на полпути к другой планете в условиях, когда заряда городского МНТ осталось лишь на 24 часа работы щитов, а доктор Вейр находится при смерти.